Tương tự như Windows Phone Store, Microsoft Store được quản lý bởi Microsoft. Các ứng viên phải được sự chấp thuận của Microsoft trước khi ứng dụng của họ trở nên có sẵn trên cửa hàng. Các ứng dụng bị cấm chứa những nội dung sau:[26]

1. Nội dung người lớn
2. Phân biệt đối xử người ủng hộ, hận thù và bạo lực trên cơ sở thành viên trong một nhóm xã hội phân biệt chủng tộc, dân tộc, quốc gia, ngôn ngữ, tôn giáo, hoặc các nhóm khác, hoặc dựa trên giới tính, tuổi tác, hoặc khuynh hướng tình dục của một người
3. Chứa nội dung hoặc chức năng khuyến khích, lôi kéo hoặc tạo điều kiện cho các hoạt động bất hợp pháp
4. Chứa hoặc hiển thị nội dung mà một người bình thường sẽ cho là khiêu dâm
5. Nói xấu, bôi nhọ hoặc vu khống, hoặc đe dọa
6. Khuyến khích, tạo điều kiện hoặc lôi kéo quá mức hoặc vô trách nhiệm của sự sử dụng rượu hoặc sản phẩm thuốc lá, ma túy hoặc vũ khí
7. Khuyến khích, tạo điều kiện hoặc lôi kéo bạo lực cực đoan hoặc vô cớ, vi phạm nhân quyền hoặc tạo ra hoặc sử dụng vũ khí chống lại người hoặc động vật trong thế giới thực
8. Nội dung thô tục quá mức hoặc vô cớ

Microsoft đã chỉ ra rằng nó có khả năng vô hiệu hóa từ xa và/hoặc loại bỏ các ứng dụng từ hệ thống của người sử dụng vì lý do an ninh, pháp luật; trong trường hợp các ứng dụng trả tiền thì sẽ hoàn lại tiền nếu điều này xảy ra.[27]

Công ty ban đầu bị chỉ trích vì không cấm đúng nội dung PEGI "18" từ Microsoft Store tại châu Âu, như các nhà phê bình lưu ý rằng một số trò chơi "18" được đánh giá là "trưởng thành" của ESRB (thực hiện các quy định nghiêm ngặt hơn dự định). Các hướng dẫn này được sửa đổi trong tháng 12 năm 2012 để sửa chữa sự bất thường này.[28]